宝永元年（1704年）中野宝仙寺の住僧、真秀（享保６年、1720年没）がこの地に一庵を建て日王山阿遮院と号したのが開創といわれています。その後、寺容を整え長仙寺と称してきましたが、寛政８年（1796年）祝融の災に罹り、仮堂のまま衰頽（スイタイ）50有余年を関し、嘉永３年（1851年）明情和尚の代に再建されました。昭和になり高円寺町発展とともに寺勢再興し昭和10年本堂、庫裡を新築しましたが昭和20年４月戦災により全焼。昭和44年、現在の本堂（寝殿造り）庫裡を建立。昭和56年八脚門を建立。平成10年11月、仁王像を造立しました。本尊不動明王像は高さ35センチほどの立像で、室町時代の作と言われています。境内に安置されている如意輪観音の石仏は享保９年（1724年）の造立で、そのお姿から歯神様として親しまれています。