世田谷城鬼門除の寺として開基され、石高年12石と朱印状を与えられ、赤門寺として、近在の人々の信仰を集めた。徳川幕府もこれにならい、15代将軍まで12石と朱印状を与えた。昭和20年５月の米国爆撃により、本堂、書院を焼失したが、本尊様と脇付の薬師如来様は戦火を逃れ、その際に薬師如来様の胎内から文書が発見された。現在この胎内文書は、世田谷区の重要文化財に指定され、当時の歴史を知る貴重な資料となっている。